La necrópolis de San Antón es uno de los conjuntos funerarios mejor conservados deCarthago Nova. Data de los siglos IV y V d.C., coincidiendo con la expansión del cristianismo.
El yacimiento fue descubierto en unas obras en 1967 y excavada totalmente, construyéndose posteriormente el edificio del museo sobre la necrópolis, con fin de que fuera protegida así de las inclemencias del tiempo y fuera visitable. De esta forma, el yacimiento compone desde 1982 la sala central de las instalaciones.
Siguiendo las costumbres romasnas, la necrópolis se situaba al borde de una calzada, concretamente la que unía Carthago Nova con Complutum, la actual Alcalá de Henares.
El cristianismo era la religión de la mayor parte de los allí enterrados y la etapa de mayor uso coincide con la presencia en Cartagena de los primeros grupos cristianos procedentes de Tipasa, en el norte de África.
En sus enterramientos se documenta el rito de inhumación; con una gran variedad de tumbas,aunque las que más destacan son, Las fosas, excavadas en la tierra, las más sencillas y que corresponden a individuos pobres. Algunas se cubrían con tejas, formando un tejadillo y otras con piedras planas. Los enterramientos más abundantes son los túmulos. De planta rectangular o semicircular,tienen un recubrimiento en mampostería de piedra y algunos tienen, en el centro, la mensae donde se colocaban los alimentos del ágape funerario. También se han encontrado enterramientos infantiles en ánforas. Por último hay que destacar los dos grandes panteones familiares con varios enterramientos en su interior.